Zemědělská fakulta JU byla založena roku 1960. V roce 1991 stála, jako jedna ze dvou zakládajících fakult, u zrodu Jihočeské univerzity.
Kromě tradičních zemědělských oborů je současná Zemědělská fakulta zaměřena též na aplikované přírodní vědy – agroekologii, kvalitu potravinových surovin, biologii zájmových organismů a další.
Od svého vzniku do současnosti vychovala Zemědělská fakulta JU v Českých Budějovicích tisíce úspěšných odborníků pro výrobní praxi, služby, řídící sféru i výzkum.